2014–2020 m. laikotarpiu Agentūra administruoja Prieglobsčio, migracijos ir integracijos (PMIF) programą, kurios pagrindinis tikslas – prisidėti prie ES veiksmingo migracijos srautų valdymo, laikantis bendros prieglobsčio, papildomos apsaugos, laikinos apsaugos politikos ir bendros imigracijos politikos. Šiuo programavimo laikotarpiu siekiama stiprinti ir plėtoti bendrą ES prieglobsčio sistemą, remiama teisėta migracija į ES, siekiant patenkinti valstybių narių ekonominius bei socialinius poreikius ir skatinti veiksmingą trečiųjų šalių piliečių, įskaitant prieglobsčio prašytojus ir asmenis, kuriems suteikta tarptautinė apsauga, integraciją, stiprinamos valstybių narių grąžinimo procedūros, solidarumas ir dalijimasis atsakomybe.

Finansavimo laikotarpis – nuo 2014-01-01 iki 2023-12-31
Finansavimo suma – 19.823.258,67 Eur

2021-2027 m. laikotarpiu Agentūra administruoja PMIF programą, kurios pagrindinis tikslas – prisidėti prie ES veiksmingo migracijos srautų valdymo ir bendros prieglobsčio politikos bei bendros imigracijos politikos įgyvendinimo, stiprinimo ir plėtojimo. Šiuo programavimo laikotarpiu bus siekiama stiprinti ir plėtoti visus  bendros Europos prieglobsčio sistemos aspektus, įskaitant jos išorės aspektą, stiprinti ir plėtoti teisėtą migraciją į valstybes nares atsižvelgiant į jų ekonominius ir socialinius poreikius, taip pat skatinti veiksmingą trečiųjų valstybių piliečių integraciją  bei socialinę įtrauktį ir prie jos prisidėti, prisidėti prie kovos su neteisėta migracija, stiprinant veiksmingą, saugų ir orumą nežeminantį grąžinimą ir readmisiją, ir skatinti bei prisidėti prie veiksmingos pradinės reintegracijos trečiosiose valstybėse, didinti valstybių narių solidarumą ir užtikrinti teisingesnį jų dalijimąsi atsakomybe, visų pirma valstybių narių, kurioms migracijos ir prieglobsčio iššūkiai daro didžiausią poveikį, atžvilgiu, be kita ko, vykdant praktinį bendradarbiavimą.

Finansavimo laikotarpis – nuo 2021-01-01 iki 2029-12-31
Finansavimo suma – 40.040.341,33 Eur Eur